Al primo piano, i materiali sono esposti nei corridoi e nelle sale (ricavate nelle originarie celle del convento) posti su tre lati dell’edificio che si sviluppa attorno al sottostante chiostro. Lungo i corridoi sono sistemate le vetrine che ospitano i materiali del cd. Antiquarium, ovvero oggetti ceramici, fittili, bronzei e lapidei, per lo più di destinazione funeraria, che nell’originaria esposizione del Museo (1968) erano stati raggruppati per tipi e decontestualizzati. Sul lato nord dell’edificio, le sale 1-4 completano l’esposizione dei corredi funerari del piano terra, accogliendo quelli della necropoli di S. Antonio (IV-I sec. a.C.) e quelli tardo-repubblicani, relativi a incinerazioni, rinvenuti in via Giannuzzi e via Urso. La sala 5 è invece dedicata alle mura messapiche di Ugento, accogliendone anche alcuni grandi blocchi parallelepipedi di calcarenite. Sul lato est dell’edificio, nelle sale 6, 7, 11 e 12 sono esposti i materiali provenienti dell’antico porto ugentino di Torre San Giovanni, sia dagli scavi del 1975-1976, sia da quelli che ne hanno interessato la necropoli indagata nel 2014-2016; tra i primi, in particolare, vanno menzionati quelli di epoca alto-ellenistica provenienti dal luogo di culto dedicato ad Artemide Bendis, a cui è dedicata la sala 7. La sala 14 accoglie poi i materiali di epoca preistorica e protostorica, non solo da Ugento ma anche da Leuca. Sul lato ovest dell’edificio, nelle sale 15-19 è esposta la sezione numismatica, con monete che coprono un ampio arco cronologico tra il V sec. a.C. e il XVII-XVIII sec. d.C.; si segnalano in particolare le emissioni bronzee della zecca messapica di Ugento (III-II sec. a.C.) e un tesoretto di denari in argento di inizi II-inizi I sec. a.C. Infine, la sala 20 presenta una selezione di materiali ceramici medievali di produzione ugentina, pertinenti a uno scarico di una fornace rinvenuto in via Madonna della Luce nel 1974 e ad alcuni vasi recuperati da una fossa di scarico scoperta in via Messapica nel 2005. 

G. Scardozzi